Puzzle Box acompanha a viciada em drogas em recuperação Kait, que foge para uma casa na floresta para se auto-reabilitar. Juntamente com sua irmã Olivia, que decide documentar o processo, coisas estranhas começam a acontecer quando o layout da casa misteriosamente começa a mudar, e as duas se encontram presas dentro de uma caixa de quebra-cabeça de pesadelo inescapável de uma casa.